Heinrich Fidelis Müller hat selbst keines seiner Oratorien instrumentiert. Die jeweiligen Instrumentationen werden in der folgenden Tabelle aufgeführt
| Werk | Instrumentator | Besetzung | Bezugsquelle |
|---|---|---|---|
| Weihnachtsoratorium op. 5 | Winand Nick zeitgen. | Fl./ Ob. / Streicher | Dr. Butz - Musikverlag |
| Die heiligen Dreikönige op.7 | Ulrich Moormann 2001 | Sinfonieorchster | HFM - Archiv |
| Die heiligen Dreikönige op.7 | Ulrich Moormann 2002 | Fl. / Ob. / 2 Trp. + Tp. ad. lib/ Streicher | Dr. Butz - Musikverlag |
| Die heilige Elisabeth op. 12 | Josef Lammertz 1987 | Sinfonieorchester | HFM - Archiv |
| Die heilige Elisabeth op. 12 | Ulrich Moormann 2003 | Streichorquartett | HFM - Archiv |
| Johannespassion op. 16/17 (Supplement) | Winand Nick zeitgen. | Sinfonieorchester | HFM - Archiv |
| Heliand op. 21 | Winand Nick zeitgen. | Sinfonieorchester | HFM - Archiv |
| Emmanuel op. 28 | Ulrich Moormann | Sinfonieorchester | HFM - Archiv |
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